La escuela Linji, llamada así por el maestro chino Linji Yixuan, desarrolló la práctica de meditar en gong’an (Jp., koan), historias breves que apuntan a un aspecto de la iluminación. Estas anécdotas se reducen aún más a su esencia, llamada huatou, la «cabeza de la frase» o «fuente del pensamiento». Usar koans o huatou para enfocar la mente es la práctica central de la escuela Linji. Un gong’an citado con frecuencia presenta al monje del siglo VIII Zhaozhou [Jp., Joshu] quien, cuando se le preguntó si un perro tiene naturaleza búdica (el potencial de todos los seres sintientes para iluminarse), respondió enigmáticamente: “Wu [Jp. Mu ],” o “vacío”, refiriéndose a la naturaleza fundamental vacía de la mente. Con el tiempo, este gong’an se redujo a huatou «¿Qué es Wu?» o simplemente “ Wu.”
La escuela Caodong fue fundada por Dongshan Liangjie (807–869), y su práctica central es mozhao chan (en japonés, shikantaza), o zen de iluminación silenciosa, una forma de zazen que consiste en sentarse con atención profunda y abierta a la experiencia presente. Dongshan Liangjie también se destaca por sus enseñanzas sobre la talidad (tathata), la naturaleza última de todas las cosas y seres.
En el Zen chino, llamado Chan, Linji es, con mucho, la tradición más amplia y dominante. Chan es quizás más conocido en Occidente a través de Dharma Drum Mountain, una organización internacional fundada en Taiwán por el maestro Sheng Yen (1931–2009).
Linji se transmitió a la península de Corea desde China en el siglo IX. En el siglo XII, los budistas zen coreanos (Soen) formaron la orden Jogye, combinando elementos de Linji con formas de budismo ya practicadas en Corea. Hoy, Jogye es la escuela Zen más grande y antigua de Corea, y un maestro Jogye del siglo XX fundó lo que ahora es la orden Zen coreana más conocida de Occidente, la escuela Kwan Um. Otra orden Soen, Taego, fue fundada en el siglo XIV y enfatiza un enfoque más puramente linji.
Aunque se cree que el zen llegó a Vietnam en algún momento del primer milenio, el zen vietnamita actual (Thien) evolucionó principalmente a partir de una rama del linji que llegó en el siglo XVII. En Occidente, el zen vietnamita está representado por la Orden del Interser, fundada por el maestro zen, autor y activista por la paz Thich Nhat Hanh (n. 1926).
Tanto Linji como Caodong Zen llegaron a Japón en el siglo XIII. Eihei Dogen (1200–1253), un maestro Zen en la tradición Caodong, fundó la escuela Soto, que se convirtió en la escuela Zen más grande de Japón. Linji japonés, llamado Rinzai, desarrolló un enfoque único para la meditación huatou: los estudiantes trabajan a través de un plan de estudios de cientos de koans a lo largo de su vida. Más tarde, una tercera escuela Zen surgió en Japón cuando los maestros Linji de China fueron rechazados por el establecimiento Rinzai, que se opuso a las prácticas devocionales que Chan había absorbido de la escuela de la Tierra Pura. Sin embargo, a la delegación china se le permitió continuar como una escuela separada llamada Obaku Zen.